Il CRA-PAV (Ex Istituto Sperimentale per la Patologia Vegetale) di Roma era una delle Unità di ricerca del Ministero delle Politiche Agricole e Forestali istituite con D.P.R. novembre 1967 n. 1318: "Norme per il riordinamento della sperimentazione agraria" che, all'articolo 5, stabiliva quanto segue: "L'Istituto Sperimentale per la Patologia Vegetale di cui all'Art.1, con sede in Roma, provvede agli studi ed alle ricerche riguardanti le malattie e le alterazioni delle piante e dei prodotti delle piante anche conservati, determinate da parassiti ed infestanti vegetali, da virus e da cause ambientali sfavorevoli, nonché i metodi ed i mezzi fisici, chimici e biologici atti a prevenire le malattie e le alterazioni medesime ed a combatterle".

Con il Decreto Legislativo del 29 ottobre 1999, n. 454 "Riorganizzazione del settore della ricerca in agricoltura, a norma dell'articolo 11 della legge 15 marzo 1997, n. 59" pubblicato nella Gazzetta Ufficiale n. 284 del 3 dicembre 1999, veniva definita la riforma del settore e la creazione di un Ente unico. L'Istituto, quindi, con l'approvazione del Regolamento di organizzazione e funzionamento e del Regolamento e di amministrazione e di contabilità (D.I. 01/10/2004 dal Ministero delle Politiche Agricole e Forestali, di concerto con il Ministro per la Funzione Pubblica e il Ministro dell'Economia e delle Finanze, sentita la Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le Regioni e le Province autonome di Trento e di Bolzano), entra a far parte dell'ente unico C.R.A. - Consiglio per la Ricerca e la Sperimentazione in Agricoltura.

Le tradizioni dell'Istituto risalgono, tuttavia, a tempi assai remoti, cioè alla Regia Stazione di Patologia Vegetale fondata nel 1887, con lo scopo di dotare l'Italia Centro-Meridionale di un'istituzione affine a quella già esistente a Pavia (Laboratorio Crittogamico Italiano), in grado di rispondere ai quesiti del Ministero dell'Agricoltura e degli agricoltori sui temi legati alle problematiche fitosanitarie.

Giuseppe Cuboni (1857-1920) diresse la R. Stazione dalla sua istituzione (1887) al 1920. L'Istituto è poi subentrato alla Stazione di Patologia Vegetale di Roma, al Laboratorio Crittogamico Italiano di Pavia ed al Laboratorio Sperimentale di Fitopatologia di Torino, che furono soppressi ed i cui patrimoni sono stati devoluti all'Istituto.